从医学人体结构来看，肛门、直肠及大肠等是属于消化排泄器官，也是细菌滋生的温床，最常见的大肠杆菌，也可能培养各类的病毒，如AIDS病毒、梅毒螺旋体、菜花病毒；或者是寄生虫，像是阿米巴原虫，这类寄生虫还可能利用血液循环而感染肝脏，造成肝脓疡，严重时还会夺人生命。而这些细菌病毒会借由性行为而互相感染，从消化器官感染到生殖器官，或是由生殖器官感染给消化器官，再者，肛交很容易造成阴茎破皮，感染机率会更高。所以，肛交对性行为双方而言，都是很容易受艾滋病，或梅毒、菜花、庖疹等感染。
肛门是消化排泄器官，不如生殖器官来得湿润、有弹性，结构上是比较干和紧，如果长期去刺激或磨擦，是很容易引起肛门、直肠、大肠、尿道等发炎，也会出现疼痛的症状，当活动太激烈时会引起肛裂、擦伤；长期从事肛交也会造成肛门括约肌松弛，甚至大便失禁等现象。
有些人因为好奇、不懂，对手淫又不了解，而自行将一些外物，如玻璃瓶、振荡器、茄子、丝瓜、香蕉、铁丝、回纹针等放入尿道、肛门或阴道。常常在使力不当时让外物跑进膀胱、子宫、直肠或大肠，卡在器官内无法自然取出，如果不及时处理，在短短一、二天内就会造成器官溃烂、腹膜炎等后遗症，严重时就可能要做膀胱造口或人工肛门来治疗。
防范这类性侵犯暴力发生最重要的从教育开始，灌输正确的性知识，并告知肛交可能引起性病及器官疾病等后遗症。针对性暴力的惯犯，必要时可以利用药物来协助治疗。再会诊心理辅导师及‘’医师，长期辅导治疗才是治本之法。另外，也应请泌尿科医师检查，是否有感染性病或其它疾病之可能，而及时治疗。
特别呼吁所有民众，不论是异性或同性恋者，建议您们必须全程使用保险套，避免杂交，过多的性伴侣是不「性」福的根源。尤其是施暴者，性暴力惯犯者，要小心了，性病或艾滋病不单是性行为才能感染，俗话说“因果报应”，也许您施暴的对象刚好是带病原者，这时，不只是受害者终身遗撼，您也将陷入万劫不复的后悔中。
